Ήδη κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων τέθηκε το ζήτημα του τρόπου διοίκησης των Νέων Χωρών. Ως λύση επελέγη το σύστημα των Γενικών Διοικήσεων. Πρώτος Γενικός Διοικητής Κρήτης υπήρξε ο Στέφανος Δραγούμης που έφτασε στο νησί τον Οκτώβριο του 1912. Ο μεταβατικός χαρακτήρας της περιόδου και το σχετικά σύντομο χρονικό διάστημα της θητείας του, σε συνάρτηση με τη συνέχιση των Βαλκανικών Πολέμων, μικρά μόνο περιθώρια άφηναν για την ανάληψη ιδιαίτερων πρωτοβουλιών. Η πολιτική που εφάρμοσε υπήρξε ιδιαίτερα συντηρητική και συγκρατημένη, με κύριο άξονα τη διατήρηση της τάξης, την εξασφάλιση της λειτουργίας της δικαιοσύνης και του διοικητικού μηχανισμού.
Αποχώρησε τον Ιούνιο του 1913, για να τον διαδεχθεί τον Σεπτέμβριο του ίδιου έτους ο βουλευτής Πατρών, Λουκάς Κανακάρης-Ρούφος. Ο νέος διοικητής έφτασε στην Κρήτη έχοντας ήδη εξασφαλίσει τη γενική αποδοχή ως ένας νέος και προοδευτικός πολιτικός, αλλά και ως προσωπική επιλογή του Βενιζέλου. Η πολιτική που ανέπτυξε χαρακτηρίζεται από την προσπάθεια προώθησης ριζικών μεταβολών στη διοίκηση και την οικονομία. Ωστόσο, την άνοιξη του 1915, αποφάσισε να παραιτηθεί, προκειμένου να συμμετάσχει στις επερχόμενες εκλογές ως υποψήφιος βουλευτής Αχαΐας.
