Το Σύνταγμα του 1899 καθιστούσε τον Ηγεμόνα και το Συμβούλιό του ιδιαίτερα ισχυρό σε σχέση με τη Βουλή. Οι συζητήσεις κατά τις βουλευτικές περιόδους του 1901 και του 1903, με αφορμή ζητήματα που αφορούσαν τη διαχείριση των δημοσίων οικονομικών, ανέδειξαν την υποβόσκουσα δυσφορία σημαντικού μέρους των πληρεξουσίων, οδηγώντας τα επόμενα χρόνια στην ανάπτυξη ενός συγκρουσιακού πλαισίου.
Το καλοκαίρι του 1904 οι αντιδράσεις είχαν ενταθεί, κυρίως λόγω της αδυναμίας ενίσχυσης της γεωργίας και της καταβολής αποζημιώσεων στους πληγέντες της περιόδου 1896-1898, δημιουργώντας το υπόβαθρο για την εκδήλωση του κινήματος του Θερίσου τον Μάρτιο του 1905, με πρωτεργάτες τους Ελευθέριο Βενιζέλο, Κωνσταντίνο Φούμη και Κωνσταντίνο Μάνο. Σε συνεργασία με βρετανικά και ρωσικά στρατεύματα, η χωροφυλακή επιχείρησε την καταστολή του κινήματος χωρίς επιτυχία. Υπό τον κίνδυνο γενικευμένης εξέγερσης, οι δύο πλευρές προχώρησαν σε διαπραγματεύσεις τον Νοέμβριο, καταλήγοντας στην αποστολή στην Κρήτη Διεθνούς Εξεταστικής Επιτροπής και στην προώθηση ορισμένων μεταρρυθμίσεων. Τέλος, παραχωρήθηκε στον Γεώργιο Α΄, Βασιλέα της Ελλάδος, το δικαίωμα διορισμού του Ύπατου Αρμοστή. Ο ίδιος αποφάσισε την απομάκρυνση του αποδυναμωμένου πλέον Πρίγκιπα Γεωργίου και την αντικατάστασή του από τον παλαίμαχο πολιτικό Αλέξανδρο Ζαΐμη.
