Η έκταση και η βιαιότητα των γεγονότων του Ηρακλείου αποτέλεσαν καταλύτη για την προώθηση μιας ριζικής λύσης επί του Κρητικού Ζητήματος. Η αποχώρηση του οθωμανικού στρατού και η μεταβίβαση της δημόσιας διοίκησης άνοιξαν τον δρόμο για τον οριστικό αποκλεισμό κάθε είδους παρέμβασης από μέρους του Σουλτάνου στο επίπεδο της άσκησης της τοπικής νομοθετικής και διοικητικής εξουσίας. Το πρώτο βήμα ήταν ο διορισμός του Πρίγκιπα Γεωργίου, γιου του Έλληνα βασιλιά Γεωργίου Α΄, ως Ύπατου Αρμοστή.
Τα ζητήματα που έπρεπε άμεσα να διευθετηθούν ήταν η ειρήνευση του νησιού, η εξασφάλιση των αναγκαίων οικονομικών πόρων και η συγκρότηση πολιτικών και διοικητικών οργάνων. Προτεραιότητα δόθηκε στη θέσπιση του νέου Συντάγματος, που θα όριζε τα κύρια χαρακτηριστικά και τα όρια του νέου πολιτικού πλαισίου. Στην τελική του μορφή, το Σύνταγμα του 1899 αναγνώριζε ως ανώτερη αρχή τον Ύπατο Αρμοστή ή Ηγεμόνα. Τον ρόλο της κυβέρνησης θα αναλάμβανε το Συμβούλιο του Ηγεμόνος, με αρμοδιότητά σε όλα τα πεδία της οικονομίας, συγκοινωνίας και δημόσιας ασφάλειας, εσωτερικών, δικαιοσύνης, δημόσιας εκπαίδευσης και θρησκευμάτων, ενώ η Βουλή επιφορτιζόταν με τη νομοθετική εξουσία από κοινού με τον Ηγεμόνα.
