Παρά τις διαρκείς αντιστάσεις της χριστιανικής κοινότητας, η ενισχυμένη παρουσία και δράση του οθωμανικού στρατού, η απογοήτευση από τα γεγονότα του 1889 και η επιφυλακτική στάση της ελληνικής κυβέρνησης δεν ευνοούσαν την εκδήλωση μιας νέας εξέγερσης κατά τα πρώτα χρόνια της δεκαετίας του 1890. Οι σημαντικότερες εστίες αντίστασης κατά την περίοδο αυτή εντοπίζονται σε περιοχές εκτός Κρήτης, μέσω της ίδρυσης διαφόρων οργανώσεων. Μόνο από το καλοκαίρι του 1895 και έπειτα οι μέχρι τότε σποραδικές και ασύντακτες κινητοποιήσεις μετασχηματίστηκαν σε ένα ενιαίο και ισχυρό κίνημα εντός του νησιού. Κομβικό ρόλο στη διαδικασία αυτή είχε ο Μανούσος Κούνδουρος και η μυστική αδελφότητα που είχε ιδρυθεί στην Κρήτη το 1892.
Αγνοώντας τις ενστάσεις όσων θεωρούσαν ακατάλληλη τη συγκεκριμένη συγκυρία και παρά τις προσπάθειες των αρχών και ορισμένων Προξένων να εμποδίσουν την κινητοποίηση, ο Κούνδουρος συγκάλεσε στα μέσα Σεπτεμβρίου μια μεγάλη συγκέντρωση στη θέση Κλήμα. Σε μια νέα συγκέντρωση λίγες μέρες αργότερα στην Κράπη, ο Κούνδουρος ανακηρύχθηκε αρχηγός του αγώνα, ενώ υπεγράφη υπόμνημα με συνολικά 50 αιτήματα που έθεταν ως άμεσο στόχο την αυτονομία της Κρήτης και την προώθηση μεταρρυθμίσεων υπό την προστασία των Μεγάλων Δυνάμεων.
