Τον Νοέμβριο του 1889, με αφορμή την αποτυχημένη εξέγερση του Μαΐου, το καθεστώς της Χαλέπας τέθηκε υπό αναστολή. Αλλαγές επρόκειτο να γίνουν στο σύστημα διοίκησης, στη δομή και τη λειτουργία της Γενικής Συνέλευσης, στους δημοσίους υπαλλήλους, στο φορολογικό και το δικαστικό σύστημα, έχοντας ως τελικό στόχο την αποκατάσταση της οθωμανικής εξουσίας στην Κρήτη. Γνωρίζοντας ωστόσο τις αδυναμίες και τα όρια της συγκεκριμένης πρακτικής, οι νέοι διοικητές επιχείρησαν με διάφορους τρόπους τον προσεταιρισμό της χριστιανικής κοινότητας.
Τον Απρίλιο του 1890 έπαψε τυπικά η εφαρμογή του στρατιωτικού νόμου, ενώ λίγες μέρες αργότερα ο νέος Γενικός Διοικητής Σακήρ Πασάς κάλεσε χριστιανούς και μουσουλμάνους να προχωρήσουν στην εκλογή νέων αντιπροσώπων για τη Γενική Συνέλευση. Η όλη προσπάθεια δεν οδήγησε σε κάποιο αποτέλεσμα, δεδομένου ότι οι χριστιανοί απείχαν από τις διαδικασίες σε ένδειξη διαμαρτυρίας, ενώ αρκετοί ήταν όσοι παραιτήθηκαν από διάφορες δημόσιες θέσεις. Ανάλογες αντιδράσεις εντοπίζονται και τα επόμενα χρόνια με αφορμή δύο κυρίως ζητήματα: την επάνδρωση της τοπικής χωροφυλακής με άτομα προερχόμενα από διάφορα μέρη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και την επιβολή ενός νέου συστήματος φορολογίας.
