Ήδη από τα πρώτα χρόνια εφαρμογής του Οργανικού Νόμου, οι αντιπρόσωποι της χριστιανικής κοινότητας έσπευσαν να διαμαρτυρηθούν για την πλημμελή τήρηση των συμφωνηθέντων από μέρους της οθωμανικής διοίκησης. Μετά από πολλές αποτυχημένες απόπειρες, μια νέα εξέγερση θα ξεσπάσει στις αρχές του 1877, στο πλαίσιο του Ρωσο-Οθωμανικού πολέμου. Οι συγκρούσεις ξεκίνησαν τον Ιανουάριο του 1878. Το μεγαλύτερο μέρος του νησιού σύντομα βρέθηκε υπό τον έλεγχο των χριστιανών, ωστόσο, μετά τη νίκη της Ρωσίας και με παρέμβαση των ευρωπαϊκών δυνάμεων, αποφασίστηκε η επιβολή ανακωχής και η παραπομπή του ζητήματος στο επικείμενο Συνέδριο του Βερολίνου.
Απορρίπτοντας το διαρκές αίτημα για την παραχώρηση της Κρήτης στην Ελλάδα, το Συνέδριο του Βερολίνου περιορίστηκε στην έκδοση, το καλοκαίρι του 1878, ειδικού πρωτοκόλλου για την πλήρη εφαρμογή του Οργανικού Νόμου στην Κρήτη, μαζί με ορισμένες τροποποιήσεις υπέρ της χριστιανικής κοινότητας. Οι σχετικές διαπραγματεύσεις διήρκησαν μέχρι τον Οκτώβριο, οδηγώντας στη σύνταξη ενός κειμένου που ονομάστηκε Σύμβαση της Χαλέπας, λόγω της υπογραφής του στο ομώνυμο προάστιο των Χανίων.
