Στα τέλη του 1867, η συντριπτική ισχύς του οθωμανικού στρατού, ο επιτυχής αποκλεισμός του νησιού, σε συνδυασμό με την ανάπτυξη του οδικού δικτύου και των κουλέδων, περιόρισαν σε σημαντικό βαθμό τις δυνατότητες εφοδιασμού και μετακίνησης των επαναστατών εντός του νησιού. Αποκορύφωμα υπήρξε η καταδίωξη του ατμόπλοιου Ένωση μέχρι το λιμάνι της Σύρου τον Δεκέμβριο του 1868, όπως και η διάλυση της Προσωρινής Κυβέρνησης μετά από αιφνιδιαστική επίθεση στο χωριό Γωνιά του Ρεθύμνου, όπου είχε καταφύγει.
Ωστόσο οι μεγαλύτερες δυσκολίες προήλθαν από το διπλωματικό πεδίο. Υπό την απειλή μιας γενικευμένης σύρραξης ανάμεσα στην Ελλάδα και την Οθωμανική Αυτοκρατορία, οι δύο πλευρές συμμετείχαν στη διεθνή διάσκεψη που οργανώθηκε στα τέλη Δεκεμβρίου του 1868 στο Παρίσι. Αποτέλεσμα των διαπραγματεύσεων ήταν η συνολική εγκατάλειψη από το ελληνικό κράτος κάθε προσπάθειας για την υποστήριξη των επαναστατών. Χωρίς εξωτερική βοήθεια, η συνέχιση του αγώνα ήταν πρακτικά αδύνατη. Στα μέσα Ιανουαρίου 1869, η οθωμανική διοίκηση κάλεσε για ακόμα μια φορά τους χριστιανούς να παραδοθούν, παρέχοντας αμνηστία. Η συγκεκριμένη κίνηση προκάλεσε διχογνωμία ανάμεσα στους εναπομείναντες επαναστάτες, καθώς πολλοί οπλαρχηγοί επέλεξαν τη συνθηκολόγηση. Το αποτέλεσμα ήταν η αποδυνάμωσή τους και η οριστική λήξη της επανάστασης του 1866 στην Κρήτη.
