Οι πρώτες επιχειρήσεις με σκοπό την ανάπτυξη ενός δικτύου ελέγχου της ενδοχώρας ξεκίνησαν στα μέσα Νοεμβρίου 1867 και αφορούσαν την περιοχή βόρεια των Λευκών Ορέων. Οι Λάκκοι κατελήφθησαν άμεσα, για να ακολουθήσουν το Θέρισο λίγους μήνες αργότερα και ο Ομαλός το καλοκαίρι το 1868. Στην συνέχεια οι Οθωμανοί προσπάθησαν να ελέγξουν τον Αποκόρωνα και τις διαδρομές προς το Σέλινο και την Κίσσαμο.
Στα ανατολικά, οι συνεχείς επιθέσεις σε διάφορες περιοχές, οι επιδρομές και οι αντεκδικήσεις γύρω από την πόλη του Ρεθύμνου και του Ηρακλείου υποδεικνύουν τη δυσκολία ελέγχου της ενδοχώρας από τους Οθωμανούς. Το 1868 στην περιοχή του Ηρακλείου, οι περισσότερες συγκρούσεις εντοπίζονται στην ευρύτερη περιοχή γύρω από την πόλη, όπως και νοτιότερα, στη ζώνη που σχημάτιζαν τα χωριά Άγιος Μύρωνας, Αγία Βαρβάρα και Τυμπάκι. Αξιόλογες επιθέσεις καταγράφονται και στην Πεδιάδα, μέχρι και την παραλιακή περιοχή των Γουβών. Στις αρχές του 1868, οι επαναστάτες της ανατολικής Κρήτης κατάφεραν να εξαναγκάσουν τον οθωμανικό στρατό σε υποχώρηση προς το Ηράκλειο. Ωστόσο, τον Ιούλιο, μια ισχυρή δύναμη Οθωμανών εγκαταστάθηκε στα Μάλια, επιτυγχάνοντας τον περιορισμό της επαναστατικής δραστηριότητας.
