Υπό τον φόβο μιας ενδεχόμενης εξέγερσης, η οθωμανική διοίκηση φρόντισε κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού του 1866 να ενισχύσει τις στρατιωτικές της δυνάμεις. Ορόσημο για την έναρξη των συγκρούσεων αποτέλεσε η οριστική απόρριψη των αιτημάτων που είχαν υποβληθεί από τους χριστιανούς στον Σουλτάνο στις αρχές Ιουλίου. Παράλληλα ζητήθηκε η διάλυση της επιτροπής που είχε συντάξει το σχετικό υπόμνημα, υπό την απειλή της βίαιης σύλληψης των μελών της. Ένοπλες συγκρούσεις ακολούθησαν στον Αποκόρωνα και το Σέλινο, με αποκορύφωμα την επιτυχημένη πολιορκία από τους χριστιανούς του οθωμανικού στρατοπέδου στις Βρύσες. Στα τέλη Αυγούστου, νέος διοικητής Κρήτης διορίστηκε ο Μουσταφά Πασάς.
Αρχικά επιδίωξε κάποια ειρηνική λύση, ωστόσο οι προτάσεις του απορρίφθηκαν. Χάρη στις ενισχύσεις που έλαβε και τον ναυτικό αποκλεισμό του νησιού, ο Μουσταφά κατάφερε μέχρι τον Οκτώβριο να ελέγξει σε σημαντικό βαθμό τη δυτική Κρήτη. Θεωρώντας εξασφαλισμένη την περιοχή των Χανίων, κινήθηκε ανατολικά. Στο πλαίσιο αυτό εντάσσεται η πολιορκία και η καταστροφή του επαναστατικού κέντρου της Μονής Αρκαδίου. Κατά την ίδια περίοδο οι επαναστάτες γνώρισαν σημαντικές ήττες στην περιοχή της Πεδιάδας και στο Καστέλι Κισάμου.
