Παρά τη νίκη τους οι μουσουλμάνοι αδυνατούσαν να ελέγξουν αποτελεσματικά την κρητική ύπαιθρο, γεγονός που επέτρεψε την ανασυγκρότηση των επαναστατικών ομάδων. Κατά τη νέα περίοδο επισφραγίστηκε η ένταξη του νησιού στο πλαίσιο της ευρύτερης επανάστασης, δημιουργήθηκαν ορισμένες πολιτικές και στρατιωτικές δομές, ενώ οι συγκρούσεις επεκτάθηκαν και σε άλλες περιοχές του νησιού.
Τον Δεκέμβριο του 1821 επιχειρείται η μετάδοση της επανάστασης στην επαρχία Σελίνου, χωρίς επιτυχία. Στις αρχές του 1822 οι επαναστάτες κινήθηκαν προς τη Μεσαρά και τον Μυλοπόταμο. Λίγους μήνες αργότερα, στα μέσα Απριλίου, επαναστάτες υπό τον Γάλλο αξιωματικό Joseph Balestra, επιχείρησαν ανεπιτυχώς να καταλάβουν την πόλη του Ρεθύμνου. Παράλληλα πολυάριθμες μικρότερες συγκρούσεις διεξάγονταν παντού, κυρίως στην περιοχή των Χανίων. Την άφιξη των αιγυπτιακών δυνάμεων στα τέλη Μαΐου του 1822 ακολούθησαν νέες αντιπαραθέσεις. Στις αρχές Αυγούστου, οι μουσουλμάνοι επιτέθηκαν στα χωριά της Ρίζας, καταστρέφοντας το Θέρισο και τους Λάκκους. Αδυνατώντας όμως να προελάσουν προς τα Σφακιά, κινήθηκαν προς το Ρέθυμνο.
