Αντιλαμβανόμενοι ότι η εδραίωση του Νέου Οργανισμού θα επισφράγιζε την κυριαρχία του χριστιανικού στοιχείου στην Κρήτη, οι Κρήτες μουσουλμάνοι σε συνεργασία με μέλη της οθωμανικής κυβέρνησης, επιχείρησαν ήδη από τον Νοέμβριο του 1896 να δημιουργήσουν ένα κλήμα έντασης, προκειμένου να εμποδίσουν την εφαρμογή του. Με αφορμή την επικύρωση από τον Σουλτάνο των κανονισμών για τη χωροφυλακή και τη δικαιοσύνη, οι αντιπαραθέσεις εντάθηκαν ανάμεσα στις 24 και 30 Ιανουαρίου 1897, σε όλες τις μεγάλες πόλεις του νησιού.
Αποκορύφωμα αποτέλεσε η γενική επίθεση των μουσουλμάνων εναντίον των χριστιανών της πόλης των Χανίων στις 4 Φεβρουαρίου. Σύμφωνα με τις πηγές, ο μουσουλμανικός όχλος σε συνεργασία με τον στρατό και ένοπλους ατάκτους (βασιβουζούκοι) επιτέθηκαν ενάντια στις χριστιανικές συνοικίες, βάζοντας φωτιά σε διάφορα σημεία. Οι χριστιανοί αμύνθηκαν και σύντομα οι συγκρούσεις επεκτάθηκαν σε όλη την πόλη, αναγκάζοντας τους προξένους να ζητήσουν την αποβίβαση στρατιωτικών αγημάτων προκειμένου να προστατεύσουν τους υπηκόους των χωρών τους. Ωστόσο, ακόμα και μετά την παρέμβαση των ευρωπαϊκών δυνάμεων, οι συγκρούσεις και οι σφαγές συνεχίστηκαν, καταστρέφοντας ένα σημαντικό μέρος της πόλης.
