Λόγω της κομβικής της θέσης επί της κύριας διαδρομής ανάμεσα στις επαρχίες Μυλοποτάμου, Αμαρίου και Ρεθύμνου, η Μονή Αρκαδίου αποτελούσε σημείο συγκέντρωσης των επαναστατών αλλά και αντικείμενο διεκδίκησης ανάμεσα στους αντιμαχόμενους. Κατά την έναρξη της επανάστασης του 1866, στο Αρκάδι κατέφυγαν άμαχοι από τις γύρω περιοχές. Όταν στα τέλη Οκτωβρίου 1866 φάνηκε ότι ο Μουσταφά Πασάς είχε σκοπό να επιτεθεί, ο γενικός αρχηγός Ρεθύμνου, Πάνος Κορωναίος, απαίτησε την απομάκρυνση των αμάχων, ενώ επιχείρησε να οργανώσει την άμυνα καταλαμβάνοντας τα περάσματα που οδηγούσαν στη Μονή.
Ωστόσο ο χριστιανικός πληθυσμός δεν ανταποκρίθηκε έγκαιρα στις εκκλήσεις του, με αποτέλεσμα οι διαθέσιμες δυνάμεις να μην επαρκούν για την άμυνα της περιοχής. Στις 5 Νοεμβρίου, ο οθωμανικός στρατός κατέλαβε όλες τις καίριες θέσεις, περικυκλώνοντας τη Μονή. Οι συγκρούσεις ξεκίνησαν τρείς μέρες μετά, χωρίς να συγκεντρωθούν και πάλι επαρκείς δυνάμεις, παρά τις προσπάθειες του Κορωναίου, για να σπάσουν την πολιορκία. Στις 9 Νοεμβρίου, αφού ενίσχυσαν το πυροβολικό τους, οι Οθωμανοί κατάφεραν να δημιουργήσουν ρήγμα και εισέβαλαν στον οχυρωμένο περίβολο. Ακολούθησε η ανατίναξη της πυριτιδαποθήκης της Μονής, σκοτώνοντας όσους αμάχους είχαν καταφύγει εκεί και μαζί ένοπλους, χριστιανούς και μουσουλμάνους. Το γεγονός αυτό προβλήθηκε έντονα από τον ελληνικό και ευρωπαϊκό τύπο, δημιουργώντας ένα ισχυρό ρεύμα υπέρ της επανάστασης.
