Ήδη από το καλοκαίρι του 1828 οι επαναστάτες είχαν αναγκάσει τους μουσουλμάνους να καταφύγουν στα φρούρια και τις οχυρωμένες περιοχές, θέτοντας υπό τον έλεγχό τους το σύνολο σχεδόν της υπαίθρου, ενώ τον Οκτώβριο του ίδιου έτους ο στόλος των Μεγάλων Δυνάμεων απέκλεισε το νησί πιέζοντας τις δύο πλευρές να προχωρήσουν σε διαπραγματεύσεις. Παρά τις προσπάθειες για ειρήνευση, οι αψιμαχίες συνεχίστηκαν το επόμενο διάστημα σε όλο το νησί, με αποκορύφωμα την ανεπιτυχή προσπάθεια των επαναστατών υπό τον αντιπρόσωπο του Καποδίστρια, John (Johann) Hane, να καταλάβουν κάποια μεγάλη πόλη, επιτιθέμενοι τον Μάρτιο του 1829 στα Χανιά και τον Ιούνιο στο Ρέθυμνο.
Τον Φεβρουάριο του 1830, βάσει του πρωτοκόλλου που υπεγράφη στο Λονδίνο, αποφασίστηκε οριστικά ότι η Κρήτη δεν θα αποτελούσε μέρος του υπό ίδρυση ελληνικού κράτους. Ορισμένες τελευταίες προσπάθειες, όπως και τα διαδοχικά διαβήματα των χριστιανών του νησιού προς τις ευρωπαϊκές αυλές, δεν απέδωσαν κάποιο αποτέλεσμα. Στα τέλη του 1830, ο μουσουλμανικός στρατός άρχισε σταδιακά να ανακαταλαμβάνει την κρητική ύπαιθρο, αποκαθιστώντας την εξουσία του και δίνοντας οριστικά τέλος στην επανάσταση που είχε ξεκινήσει πριν από σχεδόν δέκα χρόνια.
