Οι σημαντικές απώλειες των μουσουλμάνων στο Φραγκοκάστελλο, έδωσαν το έναυσμα για την επανέναρξη της επανάστασης στην Κρήτη. Ένα πρόσθετο κίνητρο κατά την ίδια περίοδο αποτέλεσε η πεποίθηση ότι το νησί έπρεπε να βρίσκεται σε επαναστατική κατάσταση, με την ελπίδα ότι τότε θα αποτελούσε τμήμα του υπό ίδρυση ελληνικού κράτους. Οι επαναστάτες κατέλαβαν και πάλι τις θέσεις τους στον Αποκόρωνα, αποκλείοντας τα Χανιά και δίνοντας μάχες σε όλη την περιοχή.
Σύντομα ανάγκασαν τους μουσουλμάνους να καταφύγουν στα φρούρια και τις οχυρώσεις τους, θέτοντας υπό τον έλεγχό τους το σύνολο σχεδόν της υπαίθρου, με μόνη εξαίρεση τη Σητεία. Η σημαντικότερη ενέργειά τους ήταν ο διορισμός σε κάθε επαρχία ειδικών επιτροπών, που θα αναλάμβαναν τοπικά το σύνολο της οργάνωσης και εποπτείας του αγώνα. Ανάμεσα στις συγκρούσεις της περιόδου, ιδιαίτερη περίπτωση αποτελεί τον Αύγουστο του 1828 ο θάνατος του μουσουλμάνου αρχηγού Αγριολίδη σε ενέδρα που οργάνωσε ο Νικόλαος Μαλικούτης, γεγονός που προκάλεσε αντίποινα ενάντια στους χριστιανούς του Ηρακλείου και του Ρεθύμνου και οδήγησε αργότερα στη βίαιη εκτέλεση του ίδιου του Μαλικούτη από τους μουσουλμάνους.
