Την υποβολή του υπομνήματος που συντάχθηκε κατά τη συγκέντρωση της Κράπης στους Προξένους το φθινόπωρο του 1895, ακολούθησε η διασπορά των διαφόρων οπλαρχηγών στις περιοχές τους, η προσπάθεια για την κινητοποίηση του χριστιανικού πληθυσμού και οι πρώτες συγκρούσεις, με αποκορύφωμα την πολιορκία από τους χριστιανούς του Βάμου, του διοικητικού κέντρου του Αποκόρωνα. Υπό την πίεση των ευρωπαϊκών δυνάμεων, ο Σουλτάνος Χαμίτ Β΄ κήρυξε το καλοκαίρι του 1896 την παύση των εχθροπραξιών και τη σύγκλιση νέας Γενικής Συνέλευσης, ενώ προχώρησε και στη χορήγηση αμνηστίας. Οι συγκρούσεις δεν έπαψαν, ωστόσο στις αρχές Αυγούστου ξεκίνησαν οι διαπραγματεύσεις των δύο πλευρών που οδήγησαν στον Νέο Οργανισμό της Κρήτης. Το νέο πλαίσιο προέβλεπε τον διορισμό χριστιανού Γενικού Διοικητή και περιόριζε την παρουσία του οθωμανικού στρατού. Παράλληλα ενίσχυε τον ρόλο των χριστιανών στη διοίκηση, την ασφάλεια και τη δικαιοσύνη, παρέχοντας σημαντικά φορολογικά προνόμια. Βασικό εμπόδιο για την εφαρμογή της συμφωνίας αποτέλεσε η καχυποψία των δύο πλευρών. Οι μεταξύ τους αντιπαραθέσεις εντάθηκαν στα τέλη του 1896, με αποκορύφωμα τις επιθέσεις των μουσουλμάνων εναντίων των χριστιανών, στο πλαίσιο της προσπάθειάς τους να αποτρέψουν την εγκαθίδρυση του νέου διοικητικού πλαισίου.
