Μετά την ήττα του στον πόλεμο με την Οθωμανική Αυτοκρατορία, ο Μεχμέτ Αλί αναγκάστηκε να εγκαταλείψει την Κρήτη. Στο πλαίσιο της παραπάνω συγκυρίας, χριστιανοί με καταγωγή από την Κρήτη που είχαν καταφύγει στην Αθήνα και στο Ναύπλιο συνέστησαν στα τέλη του 1840 μια Επιτροπή υπό τον τίτλο Κρητών Πολιτεία. Μια αντίστοιχη επιτροπή συστάθηκε και στη Σύρο. Με τη βοήθεια των οργανώσεων αυτών σχηματίστηκαν διάφορες ομάδες εντός της Κρήτης, οι οποίες τον Απρίλιο του 1841 στο χωριό Βαφέ διακήρυξαν επίσημα το αίτημά τους για την ένταξη του νησιού στο ελληνικό κράτος, ορίζοντας ως αρχηγό τον Αριστείδη Χαιρέτη. Ωστόσο, η άμεση παρέμβαση του Μουσταφά Πασά, διοικητή του νησιού, και οι συγκρούσεις που ακολούθησαν στον Αποκόρωνα και την περιοχή της Πεδιάδας, οδήγησαν στην κατάπνιξη της εξέγερσης.
Η επιστροφή της Κρήτης στο πλαίσιο της οθωμανικής κυριαρχίας δεν συνοδεύτηκε από ουσιαστικές μεταβολές στο διοικητικό και δικαστικό σύστημα που είχε καθιερωθεί τα προηγούμενα χρόνια, ενώ διατηρήθηκαν και ορισμένες αντιπροσωπευτικές δομές, όπως τα τοπικά συμβούλια. Γενικός Διοικητής του νησιού παρέμεινε ο Μουσταφά Πασάς μαζί με τους δημοσίους υπαλλήλους και τη στρατιωτική του φρουρά.
