Οι συγκρούσεις που ξέσπασαν στις αρχές του 1897 με αφορμή την προσπάθεια εφαρμογής του Νέου Οργανισμού ενέτειναν την αντιπαράθεση ανάμεσα στην Ελλάδα και την Οθωμανική Αυτοκρατορία. Ως λύση αποφασίστηκε η αποστολή ευρωπαϊκών στρατευμάτων στην Κρήτη με σκοπό την επιβολή της ειρήνευσης ανάμεσα στις δύο πλευρές και την παρεμπόδιση κάθε προσπάθειας για την κατάληψη του νησιού από μέρους της Ελλάδας.
Σχεδόν ένα χρόνο μετά την άφιξη των ευρωπαϊκών στρατευμάτων και την ήττα της Ελλάδος στον πόλεμο του 1897, οι Πρόξενοι των ευρωπαϊκών δυνάμεων πρότειναν την καθιέρωση ενός νέου διοικητικού συστήματος. Μετά από έντονες διαπραγματεύσεις, μεταβολές και τροποποιήσεις επί της αρχικής πρότασης, οι αντιπρόσωποι των χριστιανών αποδέχθηκαν το Προσωρινό Πολίτευμα. Η συγκεκριμένη απόφαση ενέτεινε την αντίδραση των μουσουλμάνων, με αποκορύφωμα τις συγκρούσεις που ξέσπασαν στην πόλη του Ηρακλείου στις 25 Αυγούστου 1898, με αφορμή την παράδοση του τελωνείου της πόλης στη χριστιανική κοινότητα. Επρόκειτο ίσως για το πιο αιματηρό γεγονός, μετά τις μεγάλες σφαγές που είχαν γίνει στο Ηράκλειο την άνοιξη του 1821, σε αντίποινα για το ξέσπασμα της επανάστασης στην Πελοπόννησο.
