Το φθινόπωρο του 1855 η διοίκηση της Κρήτης ανατέθηκε στον Βελή Πασά, γιο του Μουσταφά Πασά. Τόσο η μόρφωση όσο και η εμπειρία του από την Ευρώπη είχαν δημιουργήσει ιδιαίτερες προσδοκίες στον τοπικό πληθυσμό. Σύντομα, ωστόσο, αποδείχθηκε ότι οι σχεδιασμοί του δεν μπορούσαν να γίνουν εύκολα αποδεκτοί. Η επιβολή νέων φορολογικών και άλλων υποχρεώσεων, η προσπάθεια εφαρμογής στην Κρήτη των όρων του Χάττι Χουμαγιούν κ.ά., είχαν ως αποτέλεσμα το ξέσπασμα της εξέγερσης του 1858.
Σταδιακά και μέχρι τον Μάιο, σχεδόν 6.000 ένοπλοι συγκεντρώθηκαν στην περιοχή της Μπουτσουνάριας, στο χωριό Περιβόλια κοντά στην πόλη των Χανίων, χωρίς να προκαλέσουν εντάσεις. Αντίστοιχες κινητοποιήσεις υπήρξαν και στις ανατολικές περιοχές. Λόγω του κεντρικού ρόλου που είχε ο καταγόμενος από τους Λάκκους Κυδωνίας Εμμανουήλ Σταμ. Μαυρογένης, το γεγονός έμεινε γνωστό ως εξέγερση του Μαυρογένη. Ακολούθησαν παρεμβάσεις μέσω των προξένων και διαπραγματεύσεις που οδήγησαν το επόμενο διάστημα στην αποστολή ειδικής αντιπροσωπίας με σκοπό την εξασφάλιση συμβιβαστικής λύσης, την υπογραφή μιας ειδικής συμφωνίας και την εκδίωξη του Βελή Πασά από τη θέση του Γενικού Διοικητή.
