Ο Κωνσταντίνος Κ. Μητσοτάκης, γεννήθηκε μεταξύ του 1843 και 1845 στη Μονεμβασιά, όπου είχαν καταφύγει οι γονείς του τα προηγούμενα χρόνια. Το 1863 ξεκίνησε τις σπουδές του στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, για να μετεγγραφεί το επόμενο έτος στη Νομική, απ’ όπου αποφοίτησε το 1870. Τα επόμενα χρόνια μετέβη στην Κρήτη, όπου εκλέχθηκε μέλος της Γενικής Συνέλευσης (πιθανόν το 1875) και αναδείχθηκε σε ηγετική φυσιογνωμία. Μόλις το επόμενο έτος, συνελήφθη με εντολή του Ρεούφ Πασά, μεταφέρθηκε και φυλακίστηκε στην Κωνσταντινούπολη λόγω της άρνησής του να συνεργαστεί για τον διορισμό δικαστών και συμβούλων. Επρόκειτο για μια πράξη εκφοβισμού με σκοπό την κάμψη των αντιστάσεων της χριστιανικής παράταξης. Οι αντιδράσεις που προκάλεσε η σύλληψή του τόσο σε τοπικό όσο και σε διεθνές επίπεδο, οδήγησαν στην απελευθέρωση και την επιστροφή του στην Κρήτη λίγους μήνες αργότερα.