Ο Ιωάννης Σφακιανάκης γεννήθηκε το 1848 στο Βραχάσι και υπήρξε γιος του Κωνσταντίνου Σφακιανάκη, ηγετικής μορφής των επαναστάσεων του 19ου αιώνα. Σπούδασε ιατρική στην Αθήνα και τη Βιέννη. Κατά την περίοδο της Χαλέπας λαμβάνει μέρος στις διαπραγματεύσεις που οδήγησαν στην υπογραφή της σύμβασης και παραμένει μέλος της Συνέλευσης κατά τα επόμενα χρόνια ως πληρεξούσιος της περιοχής Μεραμβέλλου. Πέρα από την άσκηση της ιατρικής, ο Ιωαν. Σφακιανάκης αναμείχθηκε και στο πεδίο της εκπαίδευσης, αναλαμβάνοντας τη διδασκαλία φυσικής και μαθηματικών. Επανέρχεται στο πολιτικό πεδίο το 1895 ως πληρεξούσιος Ηρακλείου, κατά την προσπάθεια ανασύστασης του Συμβουλίου από την οθωμανική διοίκηση. Κατά τη σύσταση της Κρητικής Πολιτείας ανέλαβε ηγετικό ρόλο. Ειδικότερα, εκλέχθηκε Πρόεδρος της Συντακτικής Συνέλευσης του 1899, ενώ στη συνέχεια διορίστηκε από τον Ύπατο Αρμοστή πρόεδρος της Επιτροπής που ανέλαβε τη σύνταξη του πρώτου Συντάγματος. Παρά τις προτάσεις που του έγιναν, δεν θέλησε, να συμμετάσχει στο Συμβούλιο του Ηγεμόνα, παρέμεινε, ωστόσο, στο πεδίο της πολιτικής. Το 1905 τάχθηκε υπέρ του κινήματος του Θερίσου. Τα επόμενα χρόνια αποσύρθηκε από την πολιτική και ανέλαβε για ένα διάστημα τη διοίκηση της Τράπεζας Κρήτης. Πέθανε στην Αθήνα το 1924.