Ήδη από την περίοδο της αιγυπτιακής διοίκησης, το ζήτημα της φορολογίας αποτελούσε αφορμή για κινητοποιήσεις από μέρους των χριστιανών, όπως η διαμαρτυρία των Μουρνιών το 1833 ή το κίνημα Μαυρογένη το 1858. Μια πρώτη μεταβολή αποτέλεσε η επίσημη εισαγωγή το 1855 στην Κρήτη του συστήματος της εκμίσθωσης των φόρων. Αποσκοπώντας στην εξασφάλιση ικανοποιητικού κέρδους και έχοντας την υποστήριξη των αρχών, οι ενοικιαστές ασκούσαν έντονες πιέσεις στον αγροτικό, κυρίως, πληθυσμό, ενώ σε περίπτωση χρεοκοπίας ή μη καταβολής του τελικού ποσού, οι παραγωγοί εξαναγκάζονταν να καταβάλουν εκ νέου τον φόρο στη διοίκηση.

Ακολούθησε η αντικατάσταση του κεφαλικού φόρου το 1856 από έναν ειδικό φόρο απαλλαγής από τη στρατιωτική θητεία, ενώ πρόσθετοι φόροι είχαν επιβληθεί στο αλάτι, το κρασί, τον καπνό κ.α., κατά παράβαση της συμφωνίας του 1858. Στις παραπάνω επιβαρύνσεις θα πρέπει να προστεθούν και οι φόροι επί του εξαγωγικού και εισαγωγικού εμπορίου, όπως και η εκκλησιαστική φορολογία, που από το 1858 και έπειτα καταβαλλόταν υποχρεωτικά σε χρήμα, αναγκάζοντας συχνά τους παραγωγούς να καταφύγουν στον δανεισμό. Όλα τα παραπάνω, είχαν προκαλέσει την οργή του χριστιανικού πληθυσμού, συμβάλλοντας καθοριστικά στο ξέσπασμα της επανάστασης του 1866.