Επιδιώκοντας την αυτονόμησή του, ο Μεχμέτ Αλί προχώρησε το καλοκαίρι του 1839 σε μια νέα σύγκρουση με την Οθωμανική Αυτοκρατορία. Παρά τις επιτυχίες των αιγυπτιακών στρατευμάτων, η παρέμβαση των ευρωπαϊκών δυνάμεων τον ανάγκασε να δεχθεί μια νέα συμφωνία που αναγνώριζε την εξουσία του σε Αίγυπτο και Σουδάν, τον ανάγκαζε όμως να εγκαταλείψει τις άλλες κτήσεις του, ανάμεσα τους και την Κρήτη.

Η παραπάνω συγκυρία θεωρήθηκε ευνοϊκή για το ξεκίνημα μιας νέας επαναστατικής προσπάθειας. Στην ανάπτυξη της συγκεκριμένης αντίληψης συνέβαλε και η πεποίθηση ότι οι ευρωπαϊκές δυνάμεις και ειδικά η Βρετανία θα υποστήριζαν το νέο εγχείρημα. Στα τέλη του 1840, χριστιανοί με καταγωγή από την Κρήτη, που είχαν καταφύγει στην Αθήνα και στο Ναύπλιο, συνέστησαν μια Επιτροπή υπό τον τίτλο Κρητών Πολιτεία, αποτελούμενη από πρόσωπα με πολιτική και στρατιωτική πείρα. Πρόεδρός της ορίστηκε ο Νικόλαος Ρενιέρης, το ίδιο πρόσωπο που είχε υπηρετήσει ως Αντιπρόσωπος του Κυβερνήτη στην Κρήτη κατά το τέλος της Επανάστασης του 1821. Μια ακόμα επιτροπή συστάθηκε στη Σύρο, ενώ μέσω εράνων έγινε προσπάθεια να εξασφαλίσουν τα αναγκαία όπλα και εφόδια.