Το Σύνταγμα του 1899 αποτέλεσε τη βάση του πολιτικού και νομικού συστήματος της νεοσύστατης Κρητικής Πολιτείας. Στην κορυφή της διοικητικής πυραμίδας βρισκόταν ο Ηγεμόνας, με ιδιαίτερα αυξημένες νομοθετικές εξουσίες και αρμοδιότητες. Η επιλογή της ύπαρξης ενός ισχυρού πολιτικού προσώπου, δεν συνδεόταν μόνο με την ανάγκη αποτελεσματικής διαχείρισης των άμεσων, τοπικών ζητημάτων αλλά και την αμφισβήτηση της αποτελεσματικότητας του κοινοβουλευτικού συστήματος από μέρους των τοπικών πολιτικών, με αφορμή την πρόσφατη χρεοκοπία του ελληνικού κράτους το 1893, όπως και την ήττα στον πόλεμο του 1897.

Τον ρόλο της κυβέρνησης, θα αναλάμβανε το Συμβούλιο του Ηγεμόνος, αποτελούμενο από 5 Συμβούλους, πρόσωπα που θα είχαν τον ρόλο υπουργών. Η αρμοδιότητά τους κάλυπτε τα πεδία της οικονομίας, συγκοινωνίας και δημόσιας ασφάλειας, εσωτερικών, δημόσιας εκπαίδευσης και θρησκευμάτων, δικαιοσύνης. Αρμοδιότητα του τελευταίου αυτού Συμβούλου ήταν και η διαχείριση της εξωτερικής πολιτικής, την οποία όμως επί της ουσίας ασκούσε ο ίδιος ο πρίγκιπας Γεώργιος. Η Βουλή, επιφορτιζόταν με τη νομοθετική εξουσία από κοινού με τον Ηγεμόνα, ο οποίος θα διόριζε 10 από τα μέλη της. Εκλογές θα γίνονταν ανά διετία και οι εργασίες της Βουλής επρόκειτο να διαρκούν δύο μήνες, ενώ μετά το πέρας των εργασιών της θα διαλυόταν.