Σημαντικό πρόβλημα στην καθιέρωση της ανεξιθρησκίας στην Κρήτη στο πλαίσιο της εφαρμογής των όρων του Χάττι Χουμαγιούν αποτέλεσαν οι αντιδράσεις από μέρους του μουσουλμανικού πληθυσμού. Κύριο ζήτημα αποτελούσε η ελευθερία στο να ασπαστούν μουσουλμάνοι τον χριστιανοσμό, πράξη που μέχρι τότε απαγορευόταν επί ποινή θανάτου. Παρά τις προσπάθειες του Βελή Πασά, οι αντιδράσεις παρέμειναν ιδιαίτερα έντονες, αναγκάζοντας τόσο τον ίδιο όσο και τους διαδόχους του να τηρήσουν μια διφορούμενη στάση, προσπαθώντας να αμβλύνουν τις αντιπαραθέσεις των δύο κοινοτήτων.

Εξίσου σημαντικό πρόβλημα αποτέλεσε η επιβολή νέων μορφών φορολογίας. Την κατάργηση του κεφαλικού φόρου ακολούθησε η καθιέρωση μιας νέας εισφοράς ως αντάλλαγμα για την απαλλαγή των χριστιανών από τη στρατιωτική θητεία. Στο ίδιο πλαίσιο, επιχειρήθηκε και η επιβολή ενός νέου συστήματος ενοικίασης των φόρων. Παράλληλα, ο Βελή Πασάς προχώρησε στην καθιέρωση μιας ακόμα μορφής φορολογίας, με σκοπό την κατασκευή ενός νέου οδικού δικτύου από τα Χανιά μέχρι το Ρέθυμνο. Αποτέλεσμα όλων των παραπάνω ήταν η αντίδραση του χριστιανικού πληθυσμού, που μέσω διαφόρων κινητοποιήσεων κατά τα επόμενα χρόνια κατάφερε να εξασφαλίσει αξιόλογες παραχωρήσεις από μέρους της οθωμανικής διοίκησης.