Η επιστροφή της Κρήτης στο πλαίσιο της οθωμανικής κυριαρχίας δεν συνοδεύτηκε από ουσιαστικές μεταβολές στο διοικητικό και δικαστικό σύστημα που είχε καθιερωθεί τα προηγούμενα χρόνια, ενώ διατηρήθηκαν και ορισμένες αντιπροσωπευτικές δομές, όπως τα τοπικά συμβούλια. Γενικός Διοικητής του νησιού παρέμεινε ο Μουσταφά Πασάς, μαζί με τους δημοσίους υπαλλήλους και τη στρατιωτική του φρουρά.

Ο Μουσταφά Πασάς φρόντισε να εδραιώσει ακόμα καλύτερα τη θέση του, προχωρώντας σε μια νέα διοικητική κατανομή, που περιλάβανε 3 υποδιοικήσεις και 23 περιφέρειες. Διοικητές ορίστηκαν ο ίδιος και οι δύο γιοί του, ο Κερίμ για το Ρέθυμνο και ο Βελής για το Ηράκλειο. Χάρη στην καλή σχέση που είχε αναπτύξει τόσο με τη χριστιανική όσο και με τη μουσουλμανική κοινότητα, κατάφερε να παραμείνει διοικητής της Κρήτης μέχρι και το 1850, λαμβάνοντας για το λόγο αυτό το προσωνύμιο Γκηρητλής (Κρητικός). Ο διάδοχός του, Σαλίχ Βαμίκ Πασάς, ακολούθησε παρόμοια πολιτική με μικρές μόνο παρεμβάσεις, όπως τη μεταφορά το 1851 του διοικητικού κέντρου από το Ηράκλειο στα Χανιά.