Το 1861, οι κάτοικοι της Νεάπολης της επαρχίας Μεραμβέλλου, ενθαρρυμένοι από τη θετική στάση του νέου Οθωμανού διοικητή, Ισμαήλ Χεκίμ Πασά, και με την υποστήριξη ορισμένων μορφωμένων νέων, ζήτησαν την αξιοποίηση των εσόδων της τοπικής μοναστηριακής περιουσίας, με σκοπό την ενίσχυση της εκπαίδευσης. Δεχόμενος το αίτημά τους, ο διοικητής διόρισε ειδικές επιτροπές σε διάφορες επαρχίες, που από κοινού με τους επισκόπους θα διαχειρίζονταν τα σχετικά έσοδα. Πράγματι, η επιτροπή που συστάθηκε στο Μεραμβέλλο, κατάφερε σε σύντομο χρόνο να προχωρήσει στην ανέγερση διαφόρων σχολικών κτιρίων.
Κατά την ίδια περίοδο, ζητήθηκε η εφαρμογή στην Κρήτη του Γενικού Κανονισμού, του νέο καταστατικού πλαισίου λειτουργίας της ορθόδοξης εκκλησίας. Βάση αυτού, η διαχείριση της μοναστηριακής περιουσίας θα γινόταν από τους ηγουμένους και τα μοναστηριακά συμβούλια, υπό την εποπτεία των επισκόπων και της Δημογεροντίας κάθε περιοχής. Ωστόσο, στην Κρήτη υπήρχαν μόνο τρείς Δημογεροντίες, από μια σε κάθε μεγάλη πόλη. Στο πλαίσιο αυτό, εκμεταλλευόμενη τη συγκυρία, η Δημογεροντία Ηρακλείου, σε συνεργασία με το Μητροπολίτη, τους επισκόπους και ορισμένους ενοικιαστές των μοναστηριακών κτημάτων, επιχείρησαν να θέσουν υπό τον έλεγχό τους το σύνολο της μοναστηριακής περιουσίας στην Ανατολική Κρήτη, προκαλώντας την οργή μεγάλου μέρους του χριστιανικού πληθυσμού.
Τον Νοέμβριο του 1864 και ενώ ακόμα το μοναστηριακό ζήτημα βρισκόταν υπό διαπραγμάτευση, η Δημογεροντία Ηρακλείου προχώρησε στην αφαίρεση του ελέγχου της μοναστηριακής περιουσίας από τις επαρχιακές επιτροπές. Το όλο ζήτημα έλαβε ευρύτερες διαστάσεις, καθώς συμπλέκονταν άμεσα με τη διαρκή οικονομική εξάρτηση των επαρχιών από τα αστικά κέντρα μέσω διαφόρων μορφών χρέους. Το αποτέλεσμα ήταν να ξεκινήσει μια διαρκής αντιπαράθεση, με προσφυγές των δύο πλευρών στην ανώτερη διοικητική και την εκκλησιαστική ιεραρχία.
Το φθινόπωρο του 1865, ο Οθωμανός διοικητής Ισμαήλ Πασάς ζήτησε την εκλογή νέου μέλους στη Δημογεροντία Ηρακλείου. Ωστόσο, όταν εξελέγη ο Στέφανος Νικολαΐδης, υποστηρικτής των επαρχιακών επιτροπών, το Μητροπολιτικό Κόμμα κατάφερε να ακυρώσει την εκλογή του. Ο Νικολαΐδης εξελέγη δεύτερη φορά, για να καθαιρεθεί και πάλι από τον Ισμαήλ, που διόρισε στη θέση του τον Γ. Καστρινογιαννάκη. Αντίστοιχα, κατά τη σύγκληση της Γενικής Συνέλευσης, επιχειρήθηκε η απομάκρυνση ορισμένων ανεπιθύμητων εκπροσώπων, χωρίς επιτυχία. Εντέλει, ο Ισμαήλ Πασάς παρενέβη, επιβάλλοντας το πλαίσιο που ευνοούσε τη Δημογεροντία και την εκκλησιαστική ιεραρχία. Η συγκεκριμένη κίνηση θεωρήθηκε κατάφωρη παράβαση της συμφωνίας του 1858. Οι αντιδράσεις που προκάλεσε αποτέλεσαν το εφαλτήριο για το ξέσπασμα τα επόμενα χρόνια της επανάστασης του 1866.
