Η αντίδραση του Πρίγκιπα Γεωργίου στο κίνημα του Θερίσου υπήρξε εχθρική, επιλέγοντας τον δρόμο της βίαιης καταστολής, χωρίς όμως να διαθέτει τα αναγκαία μέσα. Σύντομα αποδείχθηκε ότι η Κρητική χωροφυλακή δεν ήταν σε θέση να αντιμετωπίσει μια γενικευμένη εξέγερση. Το σχετικό κενό, κλήθηκαν να καλύψουν τα ευρωπαϊκά στρατεύματα. Αρχικά, επιχειρήθηκε ο αποκλεισμός της περιοχής του Θερίσου, ενώ δυνάμεις της Ρωσίας και της Βρετανίας ενεπλάκησαν σε ένοπλες συγκρούσεις και σε άλλες περιοχές.

Παράλληλα με την ένοπλη σύγκρουση, οι ευρωπαϊκές δυνάμεις προχώρησαν στη διεξαγωγή διαπραγματεύσεων με τους επαναστάτες, προσφέροντας τους κατά τον τρόπο αυτό μια μορφή έμμεσης αναγνώρισης. Αντιλαμβανόμενος τη συγκυρία, υπό την πίεση της καταστολής, της έλλειψης πόρων και μέσων, ο Βενιζέλος υπαναχώρησε στο ζήτημα της Ένωσης. Η συμφωνία στην οποία κατέληξε με τις ευρωπαϊκές δυνάμεις το Νοέμβριο του 1905, προέβλεπε την αποστολή στην Κρήτη διεθνούς εξεταστικής επιτροπής, εγγυήσεις για τη διενέργεια ελεύθερων εκλογών και την αναθεώρηση του Συντάγματος. Προέβλεπε ακόμα την αμνήστευση όσων συμμετείχαν στο κίνημα, δίνοντας έμφαση στην ασφαλή απομάκρυνση από το νησί όσων μελών της χωροφυλακής είχαν προσχωρήσει στην επανάσταση και επρόκειτο να διωχθούν ως λιποτάκτες.