Tο καλοκαίρι του 1904, η δυσφορία προς τη πολιτική της Πριγκιπικής παράταξης είχε φτάσει σε κρίσιμο σημείο, κυρίως λόγω της αδυναμίας ενίσχυσης της γεωργίας και της καταβολής αποζημιώσεων στους πληγέντες της περιόδου 1896-1898. Παρά την αρχικά επιφυλακτική του στάση, ο Βενιζέλος αποφάσισε να αναλάβει και πάλι ενεργό ρόλο, συνασπιζόμενος με τους Κωνσταντίνο Φούμη και Κωνσταντίνο Μάνο. Ως αφορμή για την κινητοποίηση τους, επικαλέστηκαν τις διαρκείς συνταγματικές εκτροπές του Πρίγκιπα, κυρίως όμως την πολιτική του για το ζήτημα της Ένωσης, υποστηρίζοντας ότι αντικειμενικός του σκοπός ήταν η μετατροπή της Κρήτης σε προσωπική του ηγεμονία.

Αποτέλεσμα της παραπάνω διαδικασίας, αποτέλεσε το ξέσπασμα του κινήματος του Θερίσου τον Μάρτιο του 1905. Οι επαναστάτες κήρυξαν για ακόμα μια φορά την Ένωση και σχημάτισαν Επαναστατική Συνέλευση με τη συμμετοχή εκπροσώπων από όλο το νησί. Οι τρείς πρωτεργάτες ανέλαβαν επιμέρους καθήκοντα: ο Κων. Φούμης το πεδίο των οικονομικών, ο Κων. Μάνος τα στρατιωτικά ζητήματα, ενώ ο Ελ. Βενιζέλος τη διαπραγμάτευση με τις ευρωπαϊκές δυνάμεις. Παρά τις διακηρύξεις περί συνεργασίας, το κίνημα του Θερίσου οδήγησε στην άμεση αμφισβήτηση του υφιστάμενου καθεστώτος, δημιουργώντας ένα δεύτερο, ισχυρό πόλο εξουσίας εντός της Κρήτης.