Τα γεγονότα που συνδέονται με τις ισχυρές αντιδράσεις των μουσουλμάνων στην επικείμενη εφαρμογή του Νέου Οργανισμού εκδηλώθηκαν με μεγαλύτερη ένταση στις δυτικές επαρχίες, οδηγώντας τον Φεβρουάριο του 1897 στα γεγονότα των Χανίων. Αντίστοιχες, ωστόσο, αντιπαραθέσεις εκδηλώθηκαν στο σύνολο του νησιού, ακόμα και στις ανατολικές επαρχίες, όπου ο μουσουλμανικός πληθυσμός αποτελούσε πλειοψηφία.

Υπό τον φόβο μιας γενικευμένης σύγκρουσης, μεγάλο μέρος του χριστιανικού πληθυσμού των επαρχιών Τεμένους, Πεδιάδος και Μονοφατσίου, όπως και από την πόλη του Ηρακλείου, αναζήτησε καταφύγιο στην περιοχή των Άνω Αρχανών, λόγω της φυσικής διαμόρφωσής της και της κομβικής της θέσεις στις διαδρομές προς τις περιοχές της Μεσαράς, της Πεδιάδας και της Βιάννου. Ο αριθμός των προσφύγων κατά την περίοδο αυτή υπολογίζεται σε 6.000. Μαζί με τον τοπικό πληθυσμό και τους ενόπλους, οι χριστιανοί που είχαν συγκεντρωθεί στην περιοχή προσέγγιζαν τους 10.000.

Για την οργάνωση της άμυνας, την εξασφάλιση πολεμοφοδίων, τροφίμων και την περίθαλψη των προσφύγων, συστάθηκε η Επιτροπή Αμύνης με πρόεδρο τον Γεώργιο Καπετανάκη, τον οποίο αργότερα διαδέχθηκε ο Μιχαήλ Καλυβιανάκης. Η Επιτροπή είχε προνοήσει για την τοποθέτηση φρουρών στα γύρω υψώματα και στον Γιούχτα, με αποστολή να επιτηρούν τις κινήσεις των μουσουλμάνων του Ηρακλείου και να ειδοποιούν τους χριστιανούς που είχαν συγκεντρωθεί στις Αρχάνες και τις γύρω περιοχές.