Η εξασφάλιση οικονομικών πόρων μέσω του ελέγχου των φορολογικών γραφείων και των τελωνείων, αποτελούσε βασική προϋπόθεση για την εφαρμογή του Προσωρινού Πολιτεύματος. Στο πλαίσιο αυτό, η αντικατάσταση του υφιστάμενου προσωπικού από χριστιανούς, αποτελούσε πράξη με ιδιαίτερα συμβολικό χαρακτήρα, αφού επισφραγιζόταν η επικράτηση του χριστιανικού στοιχείου. Στη συγκεκριμένη παράμετρο, όπως και στο έκρυθμο κλίμα της περιόδου, εντάσσονται οι αντιδράσεις που ξέσπασαν από μέρους του μουσουλμανικού πληθυσμού στο Ηράκλειο, όταν ανακοινώθηκε η επικείμενη μεταβολή. Διαδηλώσεις και διαμαρτυρίες έγιναν σε όλη την πόλη, χωρίς, ωστόσο, να υπάρξουν αρχικά συγκρούσεις.

Στις 25 Αυγούστου 1898, ο Άγγλος διοικητής της πόλης, Συνταγματάρχης Francis Maude Reid, αποφάσισε να προχωρήσει στην εκτέλεση της απόφασης. Το μεσημέρι της ίδιας μέρας, ένα Βρετανικό στρατιωτικό άγημα μαζί με τον Στυλιανό Αλεξίου, που θα αναλάμβανε τη θέση του διευθυντή, και δύο υπαλλήλους, μετέβησαν στο λιμάνι για να παραλάβουν το τελωνείο, ενώ άλλες δύο ομάδες απέκλεισαν την πύλη του μόλου. Κατά τη διάρκεια των διαπραγματεύσεων με το μουσουλμανικό προσωπικό του τελωνείου, μια σύγκρουση ξεκίνησε στην περιοχή της πύλης ανάμεσα στο εκεί άγημα και μουσουλμάνους που επιχείρησαν να μπουν στον χώρο του λιμανιού.