Η σύγκρουση στην πύλη του μόλου ανάμεσα σε μουσουλμάνους και Βρετανούς, αποτέλεσε το έναυσμα για τη γενίκευση των συγκρούσεων εντός της πόλης. Μουσουλμάνοι που είχαν οχυρωθεί στη περιοχή Λαβύρινθος, άρχισαν να πυροβολούν εναντίων των Βρετανών και των χριστιανών που είχαν αποκλειστεί στο λιμάνι. Σε άλλα σημεία, ο μουσουλμανικός όχλος επιτέθηκε μαζικά ενάντια στους χριστιανούς, βάζοντας φωτιά σε σπίτια και μαγαζιά. Πέρα από τυχαίους περαστικούς, θύματά τους υπήρξαν διακεκριμένα πρόσωπα, όπως ο υποπρόξενος της Αγγλίας Λυσίμαχος Α. Καλοκαιρινός. Παρά τις προσπάθειες των Βρετανών, οι συγκρούσεις διήρκησαν μέχρι το βράδυ, οπότε και ακολούθησε η παρέμβαση του οθωμανικού στρατού.

Ακόμα και σήμερα, δεν υπάρχει καμία ολοκληρωμένη καταγραφή των νεκρών της 25ης Αυγούστου. Στοιχεία υπάρχουν για συνολικά 100 πρόσωπα, ωστόσο θεωρείται ότι ο αριθμός τους υπερέβαινε τα 200, άντρες, γυναίκες όλων των υλικών. Ακόμα, ένα μεγάλο μέρος της πόλης καταστράφηκε λόγων των πυρκαγιών που ξέσπασαν σε διάφορα σημεία και ειδικά στην περιοχή γύρω από το λιμάνι. Επρόκειτο ίσως για το πιο αιματηρό γεγονός, μετά τις μεγάλες σφαγές που έγιναν στο Ηράκλειο την άνοιξη του 1821, σε αντίποινα για το ξέσπασμα της επανάστασης στην Πελοπόννησο.