Η απόφαση για την εσπευσμένη αποχώρηση του οθωμανικού στρατού από την Κρήτη, δημιούργησε ένα έντονο αίσθημα ανασφάλειας στη μουσουλμανική κοινότητα. Το κενό που δημιουργήθηκε, ανέλαβαν να καλύψουν οι ευρωπαϊκές δυνάμεις. Ωστόσο, αντικειμενικός στόχος παρέμενε η δημιουργία των κατάλληλων συνθηκών με σκοπό την εξασφάλιση της ειρήνευσης ανάμεσα στις δύο κοινότητες. Στο πλαίσιο αυτό, επρόκειτο να δημιουργηθεί μεικτή, τοπική χωροφυλακή που σταδιακά θα αντικαθιστούσε τα ευρωπαϊκά στρατεύματα, ενώ εξίσου σημαντικό βήμα αποτελούσε ο αμοιβαίος αφοπλισμός των δύο κοινοτήτων.

Ήδη κατά τη διάρκεια των διαπραγματεύσεων για τη σύσταση του Προσωρινού Πολιτεύματος το φθινόπωρο του 1897, η χριστιανική πλευρά είχε δεσμευτεί για την ειρηνική επιστροφή των μουσουλμάνων στην ύπαιθρο και τον αφοπλισμό του πληθυσμού. Οι σχετικές προσπάθειες ξεκίνησαν το φθινόπωρο του 1898, χωρίς να οδηγήσουν σε κάποιο ουσιαστικό αποτέλεσμα. Καθοριστικός παράγοντας υπήρξε η δημοσίευση κατά το επόμενο διάστημα έκκλησης από μέρους του Πρίγκιπα Γεωργίου, που καλούσε σε παράδοση του οπλισμού, υποσχόμενος τη δημιουργία μουσείων για τη φύλαξή τους. Πράγματι, ένας σημαντικός αριθμός όπλων παραδόθηκε τους επόμενους μήνες, το μεγαλύτερο μέρος των οποίων καταστράφηκε.