Στα μέσα Μαΐου, παρά τις προσπάθειες της οθωμανικής διοίκησης, ο μουσουλμανικός όχλος συνέλαβε στην πόλη των Χανίων τον επίσκοπο Κισσάμου Μελχισεδέκ Δεσποτάκη μαζί και με άλλα διακεκριμένα μέλη της χριστιανικής κοινότητας, τους οποίους εκτέλεσαν λίγες μέρες αργότερα. Τα νέα που μετέφεραν τις επόμενες εβδομάδες ο Χασάν Ρεΐτζης και λίγο αργότερα ο Γάλλος Βαλέστας πυροδότησαν ένα νέο κύμα επιθέσεων κατά των χριστιανών της πόλης, που σύντομα επεκτάθηκαν και στην ύπαιθρο. Το ίδιο συνέβη και μετά την πρώτη ήττα των μουσουλμάνων στο Λούλο Χανίων στις 14 Ιουνίου.

Τα γεγονότα των Χανίων πυροδότησαν αντίστοιχες αντιδράσεις και στο Ρέθυμνο. Στο Ηράκλειο, στις 23 Ιουνίου, οι ειδήσεις για τις σφαγές σε Κωνσταντινούπολη και Σμύρνη εξόργισαν τον όχλο, ο οποίος στράφηκε ενάντια στους χριστιανούς της πόλης, παρά τις προσπάθειες του Πασά του Χάνδακα να τους εμποδίσει. Ανάμεσα στα θύματα ήταν πολλά μέλη της εκκλησιαστικής ιεραρχίας και ηγούμενοι μοναστηριών, οι οποίοι τυχαία είχαν συγκεντρωθεί εκείνη την ημέρα στην πόλη, προκειμένου να δηλώσουν την υποταγή τους στον Σουλτάνο. Αντίστοιχα περιστατικά σε μικρότερη ή μεγαλύτερη κλίμακα εντοπίζονται και στις υπόλοιπες επαρχίες της Κρήτης στα τέλη Ιουνίου, όπως στο Βενεράτο και στη Σητεία.