Παράλληλα με τη δράση των διαφόρων οργανώσεων που έδρευαν στην Αθήνα και αλλού, έντονη κινητικότητα εντοπίζεται και εντός Κρήτης. Αρχικά, τον Απρίλιο του 1890 και ξανά τον Φεβρουάριο του επόμενου έτους, οι χριστιανοί επέλεξαν ν’ απέχουν από τις εκλογές που προκήρυξε ο Γενικός Διοικητής, στο πλαίσιο της προσπάθειάς του για τον καθησυχασμό της χριστιανικής κοινότητας. Η αύξηση κατά την ίδια περίοδο των διαφόρων συγκεντρώσεων και των αδελφοποιήσεων αποτελούσε ισχυρή ένδειξη για την προετοιμασία μιας νέας εξέγερσης.

Στο πλαίσιο αυτό, η τοπική οθωμανική διοίκηση εισηγήθηκε στην Πύλη τη χορήγηση νέων προνομίων προς τους χριστιανούς, χωρίς, ωστόσο, να υπάρξει ανταπόκριση. Οι κινητοποιήσεις συνεχίστηκαν τα επόμενα χρόνια, με αποκορύφωμα την οργάνωση γενικής συγκέντρωσης την άνοιξη του 1892 στους Κομιτάδες, όπου ζητήθηκε η εφαρμογή των όρων της Σύμβασης της Χαλέπας και η κατάργηση των νέων φόρων. Τον Σεπτέμβριο του ίδιου έτους, αντίστοιχες συγκεντρώσεις έγιναν σε Σφακιά, Σέλινο και Αποκόρωνα, ενώ ακολούθησε η υποβολή υπομνήματος στους Προξένους με σαφή αναφορά στο ενδεχόμενο ένοπλης σύγκρουσης. Ωστόσο, παρά τις κοινοποιήσεις και με δεδομένη την πρόσφατη αρνητική εμπειρία, οι χριστιανοί παρέμεναν ιδιαίτερα επιφυλακτικοί απέναντι σε μια γενικευμένη εξέγερση.