Στις αρχές της δεκαετίας του 1890, η ενισχυμένη παρουσία και δράση του οθωμανικού στρατού, η απογοήτευση από τα γεγονότα του 1889, όπως και η αρνητική στάση της ελληνική κυβέρνησης, δεν ευνοούσαν την εκδήλωση μιας νέας εξέγερσης. Οι σημαντικότερες εστίες αντίστασης κατά την περίοδο αυτή, εντοπίζονται σε περιοχές εκτός Κρήτης. Το 1890, για παράδειγμα, συστάθηκε στην Αθήνα οργάνωση υπό τον τίτλο Ένωση Πατριωτών Κρητών, ενώ το ίδιο έτος αναφέρεται και η ίδρυση του επαναστατικού σωματείου Ιερός λόχος. Παράλληλα, ξεκίνησε και η έκδοση ειδικής εφημερίδας υπό τον τίτλο Η φωνή των υποδούλων.

Παράλληλα με τις διάφορες παρεμβάσεις στις ευρωπαϊκές δυνάμεις, την αποστολή όπλων και εφοδίων στην Κρήτη, οι παραπάνω ομάδες ασχολήθηκαν με την οργάνωση και τον εξοπλισμό ένοπλων σωμάτων, που επρόκειτο να σταλούν στο νησί. Ενδεικτική είναι η περίπτωση του Ιωσήφ Βολουδάκη ή Λιάπη από τον Ίμπρο Σφακίων, ο οποίος είχε καταφύγει στην Αθήνα στα τέλη του 1889, μετά τη δολοφονία Οθωμανών στρατιωτών. Η ομάδα του αποβιβάστηκε στο νότιο Ρέθυμνο στα τέλη του 1890 και έδρασε στην ευρύτερη περιοχή του Ρεθύμνου και των Χανίων, κυρίως μέσω επιθέσεων σε στρατιώτες, φυλάκια και σταθμούς της χωροφυλακής.