Παρά την απομάκρυνση του Πρίγκιπα, στις εκλογές του 1906, η παράταξη που είχε διαμορφωθεί γύρω από τον Βενιζέλο εξέλεξε μόλις 36 βουλευτές στο σύνολο των 78, επικρατώντας κυρίως στους νομούς Χανίων και Σφακίων. Παρόμοια ήταν και τα αποτελέσματα των εκλογών του επόμενου έτους, με  αξιοσημείωτη ωστόσο διαφορά τη σημαντική βελτίωση των ποσοστών της στο νομό Ρεθύμνου. Αντίθετα, οι νομοί Ηρακλείου και Λασιθίου παρέμειναν υπό τον έλεγχο της αντίπαλης παράταξης.

Ορόσημο για το Κρητικό Ζήτημα, αποτέλεσαν το κίνημα των Νεοτούρκων τον Ιούλιο του 1908 και η προσάρτηση της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης από την Αυστροουγγαρία το φθινόπωρο του ίδιου έτους. Επιδιώκοντας να εκμεταλλευτεί τη συγκυρία, η τοπική Κυβέρνηση κήρυξε στα τέλη Σεπτεμβρίου την Ένωση, καταργώντας το σύστημα της Αρμοστείας. Το τοπικό πολιτικό και διοικητικό πλαίσιο, αναδιαμορφώθηκε με βάση τα ελληνικά πρότυπα και τη σχετική νομοθεσία. Σε συμβολικό επίπεδο, για παράδειγμα, η Επίσημη Εφημερίς της Κρητικής Πολιτείας μετονομάστηκε σε Παράρτημα της Εφημερίδος της Κυβερνήσεως εν Κρήτη, σχηματίστηκε πενταμελής κυβέρνηση εθνικής ενότητας που έλαβε τον τίτλο Εκτελεστική Επιτροπή, και η οποία διακήρυξε ότι θα κυβερνούσε το νησί στο όνομα του Βασιλιά Γεωργίου Α’, ενώ το σύνταγμα του 1907 αντικαταστάθηκε από το ελληνικό σύνταγμα.