Η σύνδεση της Κρήτης με τη Φιλική Εταιρία εντοπίζεται σε δύο κυρίως επίπεδα. Ένας αξιόλογος αριθμός χριστιανών, κυρίως έμποροι, μυήθηκαν εκτός Κρήτης σε διάφορες χρονικές περιόδους. Εντός του ίδιου του νησιού, οι πηγές υποδεικνύουν τη μύηση ενός μικρού αριθμού προσώπων, κυρίως γιατρών, λογίων, δασκάλων, εμπόρων, μελών της εκκλησίας, ακόμα και υπαλλήλων της οθωμανικής διοίκησης, συνολικά περίπου 83 ατόμων. Ο αριθμός των μυήσεων υπήρξε μικρός μέχρι και την άνοιξη του 1820, οπότε και αυξάνεται προοδευτικά φτάνοντας στην κορύφωσή του κατά την περίοδο από τον Φεβρουάριο του 1821 μέχρι και τους πρώτους μήνες μετά την έναρξη της επανάστασης στο νησί.

Ο μεγαλύτερος αριθμός μυήσεων εντός του νησιού αφορούσε κυρίως τις πόλεις και αποδίδεται στους δασκάλους Καλλίνικο Βερροιαίο και Γεώργιο Βάου. Αναφορές για ανάλογη δράση στην ύπαιθρο δεν εντοπίζονται, με μόνη εξαίρεση τα Σφακιά. Σε συνολικό επίπεδο, η δράση της Εταιρίας στην Κρήτη υπήρξε μάλλον περιορισμένη. Το ενδεχόμενο άλλωστε της συμμετοχής των νησιών του Αιγαίου στην επανάσταση εξετάζεται σοβαρά μόνο τον Οκτώβριο του 1820, με τον διορισμό του Δημητρίου Θέμελη από τον Αλέξανδρο Υψηλάντη, ως υπευθύνου για την επέκταση της Οργάνωσης στην περιοχή του Αρχιπελάγους.