Ο Νέος Οργανισμός, προέβλεπε τον διορισμό ενός Γενικού Διοικητή από τον Σουλτάνο ανά πενταετία, με τη συναίνεση των ευρωπαϊκών δυνάμεων. Μετά τα γεγονότα του 1898, σκοπός ήταν πλέον η καθιέρωση μιας μόνιμης διοικητικής εξουσίας, ο διορισμός ενός προσώπου που θα μπορούσε να εξασφαλίσει την ειρήνευση στο νησί, λειτουργώντας παράλληλα ως μεσάζων ανάμεσα στον τοπικό πληθυσμό και τις ευρωπαϊκές δυνάμεις. Κάθε πλευρά πρότεινε διάφορα πρόσωπα με εμπειρία από αντίστοιχες καταστάσεις, καταλήγοντας στην αποδοχή της πρότασης της Ρωσίας για τον διορισμό του Πρίγκιπα Γεωργίου, δευτερότοκου γιού του βασιλιά της Ελλάδος Γεωργίου Α’.
Η θητεία του Πρίγκιπα Γεωργίου στη θέση του Ύπατου Αρμοστή ή αλλιώς Ηγεμόνα, όπως ορίστηκε από το τοπικό Σύνταγμα, τυπικά θα είχε τριετή διάρκεια. Σκοπό της αποστολής του αποτελούσαν η προστασία τόσο των προσώπων όσο και της περιουσίας χριστιανών και μουσουλμάνων, η εξασφάλιση της ελεύθερης άσκησης της θρησκευτικής λατρείας, η οργάνωση της διοίκησης και της χωροφυλακής. Παρά τις αντιρρήσεις του Σουλτάνου, οι ευρωπαϊκές δυνάμεις επέμειναν στο διορισμό του Γεωργίου, ο οποίος κατά την άφιξή του στην Κρήτη στα τέλη Δεκεμβρίου του 1898, έγινε δεκτός με ενθουσιασμό από το μεγαλύτερο μέρος του χριστιανικού πληθυσμού.
