Υπό τη πίεση των ευρωπαϊκών δυνάμεων ο Σουλτάνος Χαμίτ ο Β’ κήρυξε το καλοκαίρι του 1896 την παύση των εχθροπραξιών και τη σύγκλιση νέας Γενικής Συνέλευσης, ενώ προχώρησε και στη χορήγηση αμνηστίας. Ωστόσο, οι συγκρούσεις συνεχίστηκαν κυρίως σε περιοχές των Χανίων και του Ρεθύμνου, με αποκορύφωμα τη μάχη της Αλμυρίδας στην περιοχή του Αποκόρωνα, στα μέσα Ιουλίου του 1896.

Στις αρχές Αυγούστου, οργανώθηκε από τους επαναστάτες γενική συνάθροιση στο Τζιτζιφέ Χανίων, όπου αποφασίστηκε η συνέχιση των προσπαθειών και η μετατροπή της Μεταπολιτευτικής Επιτροπής σε Προεδρείο της Γενικής Επαναστατικής των Κρητών Συνέλευσης. Την ίδια περίοδο, έφτασαν στην Κρήτη και οι απεσταλμένοι του Σουλτάνου με σκοπό την προώθηση των διαπραγματεύσεων. Λίγες μέρες αργότερα, ανακοινώθηκε ο Νέος Οργανισμός Κρήτης. Τα συνολικά 14 άρθρα του, ικανοποιούσαν σε μεγάλο βαθμό τα αιτήματα που είχε υποβάλλει η Μεταπολιτευτική Επιτροπή, εξασφαλίζοντας τον διορισμό χριστιανού Γενικού Διοικητή, περιορίζοντας τη δικαιοδοσία της Πύλης και την παρουσία του οθωμανικού στρατού στο νησί. Παράλληλα, ενισχυόταν ο ρόλος των χριστιανών στη διοίκηση, την ασφάλεια και τη δικαιοσύνη και χορηγούνταν σημαντικά φορολογικά προνόμια.