Μέχρι τα μέσα του 18ου αιώνα, το μεγαλύτερο μέρος των οθωμανικών στρατευμάτων αποχώρησε από την Κρήτη. Ανάμεσα στις δυνάμεις που παρέμειναν, περιλαμβάνονταν πέντε λόχοι Αυτοκρατορικών Γενιτσάρων, ενώ τα επόμενα χρόνια σχηματίστηκε και ένας αξιόλογος αριθμός τοπικών γενιτσαρικών σωμάτων. Η σταθερή παρουσία των Αυτοκρατορικών Γενιτσάρων στο νησί επέτρεψε την αξιοποίηση των κεφαλαίων των ταμείων τους ως βασική πηγή δανεισμού για την τοπική οικονομία, ενώ η στενή επαφή τους με τα εμπορικά δίκτυα τους επέτρεψε να έχουν κεντρικό ρόλο στην άσκηση του εμπορίου τόσο στο πλαίσιο της Αυτοκρατορίας όσο και με τις ευρωπαϊκές χώρες.

Χάρη στην οικονομική και στρατιωτική τους ισχύ, οι Γενίτσαροι κατάφεραν σταδιακά να επικρατήσουν και στο κοινωνικό πεδίο, εδραιώνοντας το ρόλο τους ως ενδιάμεσοι ανάμεσα στον τοπικό πληθυσμό και την κεντρική εξουσία. Στο πλαίσιο αυτό, είχαν τη δυνατότητα να χρησιμοποιούν τη μαζική κινητοποίηση ως μέσο για να ασκήσουν πίεση στις επίσημες οθωμανικές αρχές, εξασφαλίζοντας ένα διαρκές καθεστώς ατιμωρησίας, αλλά και να υποστηρίξουν ευρύτερα αιτήματα του πληθυσμού, όπως η διατήρηση των τιμών ή η επάρκεια των τροφίμων. Τα γενιτσαρικά σώματα δέχθηκαν ένα ισχυρό πλήγμα κατά την επανάσταση του 1821, ενώ καταργήθηκαν με βίαιο τρόπο το 1824, στο πλαίσιο της γενικότερης κατάργησης του θεσμού στην Οθωμανική Αυτοκρατορία.