Με την άφιξη του νέου αντιπρόσωπου του Καποδίστρια, John (Johann) Hane, στην Κρήτη, επιχειρήθηκε τον Μάρτιο του 1829 μια γενική επίθεση στα Χανιά. Όμως οι μουσουλμάνοι ήταν καλά οχυρωμένοι. Τις επόμενες μέρες τα πυρομαχικά και των δύο πλευρών εξαντλήθηκαν, οδηγώντας την όλη επιχείρηση σε αδιέξοδο. Τον Ιούνιο ο Hane πρότεινε μια παρόμοια επίθεση κατά του Ρεθύμνου. Η μάχη κράτησε τρείς μέρες, ωστόσο η αποφασιστικότητα των μουσουλμάνων και οι αντιπαραθέσεις ανάμεσα στους αρχηγούς των επαναστατών είχαν ως αποτέλεσμα την εγκατάλειψη και αυτής της προσπάθειας. Επρόκειτο για την τελευταία μεγάλη επιχείρηση εκ μέρους των επαναστατών, παρά τις πιέσεις που άσκησε ο Hane για μια ακόμα αντίστοιχη επίθεση στο φρούριο του Χάνδακα.

Οι αψιμαχίες συνεχίστηκαν το επόμενο διάστημα σε όλο το νησί. Τον Απρίλιο του 1830, εκμεταλλευόμενοι τους εορτασμούς για το Πάσχα, μια μεγάλη δύναμη μουσουλμάνων από το Ηράκλειο επέδραμε στη Μεσαρά. Οι απώλειες για τους επαναστάτες ήταν σημαντικές. Ανάμεσα στους αιχμαλώτους που συνέλαβαν οι μουσουλμάνοι ήταν και ο Νικόλαος Μαλικούτης, που δύο χρόνια νωρίτερα είχε σκοτώσει τον Αγριολίδη, ο οποίος πριν θανατωθεί διαπομπεύθηκε στους δρόμους του Ηρακλείου.