Αντίστοιχα με την επανάσταση του 1821 και τις εξεγέρσεις που ακολούθησαν, η επανάσταση του 1866 είχε ως επακόλουθο τη φυγή σημαντικού μέρους του πληθυσμού από την Κρήτη. Από τη μεριά των χριστιανών, οι προσπάθειες για τη διάσωση των αμάχων, υπήρξαν πολύ πιο οργανωμένες σε σχέση με το παρελθόν. Καθόλη τη διάρκεια της επανάστασης και ειδικά μετά τη προέλαση του οθωμανικού στρατού στην ανατολική Κρήτη το καλοκαίρι του 1867, σχεδόν 20.000 άμαχοι μεταφέρθηκαν στα λιμάνια της Σύρου και τον Πειραιά.

Κατά την άφιξή τους στην Ελλάδα, οι περισσότεροι από αυτούς βρίσκονταν σε άθλια κατάσταση. Από τον Πειραιά οι πρόσφυγες προωθούνταν στην Αθήνα, όπου φιλοξενούνταν αρχικά σε δημόσια κτίρια, για να διασκορπιστούν στη συνέχεια σε άλλες περιοχές. Μέσω δημόσιων κονδυλίων αλλά και ειδικών εισφορών και εράνων εντός και εκτός Ελλάδος, το ελληνικό κράτος, οι διάφορες οργανώσεις και οι κατά τόπους επιτροπές, κατάφεραν να καλύψουν σε σημαντικό βαθμό τις ανάγκες των προσφύγων, εξασφαλίζοντάς τους στέγαση, διατροφή, ένδυση, ιατρική περίθαλψη, ακόμα και την εκπαίδευση των παιδιών. Με το τέλος της επανάστασης, οι περισσότεροι ακολούθησαν τον δρόμο της επιστροφής. Επρόκειτο για μια συντεταγμένη κατά το μεγαλύτερο μέρος της διαδικασία, που υποστηρίχθηκε τεχνικά και οικονομικά από την ελληνική κυβέρνηση.