Κατά τη διάρκεια της επανάστασης, η οικονομική δραστηριότητα δεν διεκόπη συνολικά, ωστόσο μετά από σχεδόν οχτώ χρόνια πολέμου ήταν αναπόφευκτο να προκύψουν σοβαρά προβλήματα. Οι μεγαλύτερες καταστροφές αφορούσαν το χώρο της υπαίθρου, που αποτέλεσε και το κύριο πεδίο των συγκρούσεων. Σημαντικές ζημίες υπέστησαν οι ετήσιες καλλιέργειες και τα σιτηρά, δημιουργώντας προβλήματα στη σίτιση του πληθυσμού. Μικρότερες ήταν οι απώλειες στην ελαιοπαραγωγή, καθώς την περίοδο αυτή δεν εντοπίζονται οι μετέπειτα πρακτικές της μαζικής καταστροφής των δέντρων.

Εξίσου σημαντικό πρόβλημα αποτελούσε η μείωση των εργατικών χεριών λόγω των θανάτων και, κυρίως, της μαζικής φυγής. Από τους 260.000 ως 280.000 κατοίκους που είχε η Κρήτη στις αρχές του 19ου αιώνα, υπολογίζεται ότι μετά την επανάσταση απέμεναν μόλις 98.000 με 116.000, μείωση που σε ποσοστιαίο επίπεδο προσεγγίζει το 56% με 62%. Τέλος, μεγάλες ζημιές εντοπίζονται και στο επίπεδο των παραγωγικών και άλλων υποδομών, κυρίως σε σχέση με την καταστροφή πολυάριθμων ελαιοτριβείων και την εγκατάλειψη κάθε είδους συντήρησης τόσο των χερσαίων δικτύων όσο και των λιμανιών.