Ήδη κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων, τέθηκε το ζήτημα του τρόπου διοίκησης των Νέων Χωρών. Σκοπός ήταν η εξασφάλιση μιας ομαλής διαδικασίας προσαρμοσμένης στο εκάστοτε τοπικό πλαίσιο, μέχρι την οριστική ένταξή τους στο ελληνικό κράτος. Ο αντίλογος βασιζόταν στην αντίληψη ότι η συγκεκριμένη πρακτική ήταν άδικη για τον πληθυσμό των περιοχών αυτών, θεωρώντας ως επιβεβλημένη την άμεση προσάρτησή τους. Εν τέλει, επελέγη η μέση οδός των Γενικών Διοικήσεων, ενός συστήματος χωρίς προϋπάρχουσα σαφή νομική βάση αλλά υπό τον διαρκή έλεγχο της ελληνικής κυβέρνησης, που όμως εξασφάλιζε έναν αξιόλογο βαθμό αυτονομίας για τις επιμέρους περιοχές, επιτρέποντας τη διαχείριση κρίσιμων ζητημάτων σε τοπικό επίπεδο.

Η δημιουργία των πρώτων Γενικών Διοικήσεων, ανάμεσά τους και της Κρήτης, βασίστηκε στην έκδοση επιμέρους νόμων και διαταγμάτων, χωρίς να υφίσταται ένα ενιαίο και σαφές νομικό πλαίσιο. Το συγκεκριμένο πλαίσιο θεσπίστηκε μόλις το 1915 μέσω του Νόμου 582 Περί Γενικής Διοικήσεως των Νέων Χωρών. Ωστόσο, τον Μάρτιο του ίδιου έτους, λίγο πριν από τις πρώτες εθνικές εκλογές, η κυβέρνηση Γούναρη προχώρησε στην κατάργηση του θεσμού, παραβιάζοντας την άτυπη δέσμευσή του, ότι αυτό θα γινόταν μόνο μετά την εκλογή των πρώτων βουλευτών από μέρους των Νέων Χωρών.