Αντίστοιχα με τις εξεγέρσεις και τις επαναστάσεις των προηγούμενων ετών, οι διαρκείς αντιπαραθέσεις της περιόδου 1895-1898 είχαν ως επακόλουθο τη μετακίνηση μεγάλου μέρους του τοπικού πληθυσμού. Κυρίαρχη τάση αποτελούσε η μετακίνηση των χριστιανών προς την ύπαιθρο προκειμένου να απομακρυνθούν από τις περίκλειστες πόλεις, και αντίστροφα, η μεταφορά των μουσουλμάνων από την ενδοχώρα στα αστικά κέντρα, που γι’ αυτούς αποτελούσαν ασφαλή καταφύγια. Αποτέλεσμα της μαζικής συγκέντρωσης μουσουλμάνων στις πόλεις, ήταν η δημιουργία ασφυκτικού κλίματος, λόγω της έλλειψης χώρου, των αναγκαίων υποδομών αλλά των οικονομικών και άλλων προβλημάτων που συνεπαγόταν η διαρκής απομάκρυνση από τις περιουσίες τους.

Εξίσου σημαντικό πρόβλημα αποτέλεσε η διαρκής προσπάθεια από μέρους των μουσουλμάνων να αποτρέψουν την εγκαθίδρυση ενός διοικητικού συστήματος που θα ευνοούσε τη χριστιανική κοινότητα. Αποτέλεσμα της συγκεκριμένης τάσης ήταν οι διαρκείς εντάσεις αλλά και οι σφαγές στην πόλη των Χανίων στις αρχές του 1897, που οδήγησαν στην επέμβαση των ευρωπαϊκών δυνάμεων. Η αντίδραση και η οργή του μουσουλμανικού στοιχείου, ενισχύθηκε ακόμα περισσότερο μετά την αποδοχή του Προσωρινού Πολιτεύματος, που επί της ουσίας έθετε τα 9/10 του νησιού υπό τον έλεγχο των χριστιανών, αποκλείοντας την άμεση επιστροφή μεγάλου μέρους των μουσουλμάνων στην ύπαιθρο.