Στο πλαίσιο των διοικητικών και άλλων μεταβολών της δεκαετίας του 1850, αναπτύσσεται για πρώτη φορά στο πλαίσιο της χριστιανικής κοινότητας η τάση υπέρ της αναζήτησης μιας άλλης εναλλακτικής αντί της Ένωσης. Κεντρικό πρόσωπο κατά την περίοδο αυτή υπήρξε η καταγόμενη από το χωριό Αλυκιανό στην περιοχή της Κυδωνίας, Ελισάβετ Β. Κονταξάκη. Έχοντας μεγαλώσει στην Αθήνα, η Κονταξάκη βρέθηκε το 1855 στα Χανιά, όπου μέσω του Άγγλου προξένου γνώρισε τον Βελή Πασά, κερδίζοντας την εύνοιά του.

Από κοινού προχώρησαν στην ίδρυση της Φιλοπάτριδος Εταιρίας, μιας μυστικής οργάνωσης με σκοπό την ενίσχυση της εκπαίδευσης στην Κρήτη. Όταν η θέση του Βελή Πασά τέθηκε υπό αμφισβήτηση, η Κονταξάκη τον υπερασπίστηκε, μεσολαβώντας στην οθωμανική κυβέρνηση. Ωστόσο, μετά την εξέγερση του 1858 και την ατιμωτική καθαίρεσή του, η Κονταξάκη επιχείρησε να οργανώσει εξέγερση με σκοπό αυτή τη φορά να τεθεί η Κρήτη υπό την κυριαρχία της Μεγάλης Βρετανίας. Η όλη προσπάθεια έγινε γνωστή και διαλύθηκε από τις οθωμανικές αρχές. Η δράση της συνεχίστηκε και τα επόμενα χρόνια με άξονα αυτή τη φορά τη διατήρηση της οθωμανικής εξουσίας στην Κρήτη, στρεφόμενη ακόμα και ενάντια στην επανάσταση του 1866.