Το ιδιαίτερο πλαίσιο της δεκαετίας του 1890, οι διαρκείς εξεγέρσεις και αντιπαραθέσεις ανάμεσα στις δύο κοινότητες, η ευρωπαϊκή παρέμβαση και οι διαδικασίες που οδήγησαν στη σύσταση της Κρητικής Πολιτείας, επηρέασαν σε σημαντικό βαθμό το τοπικό εμπόριο και την οικονομία. Η σημαντικότερη επίδραση εντοπίζεται στο χώρο της υπαίθρου, όπου η εγκατάλειψη από τους μουσουλμάνους των περιουσιών τους, παράλληλα με την αμοιβαία καταστροφή των καλλιεργειών, είχαν ως επακόλουθο τη μακροπρόθεσμη μείωση της παραγωγής. Ενδεικτικό για την περίοδο αυτή, είναι το γεγονός ότι υπολογίζεται ότι καταστράφηκε το 15% των ελαιόδεντρων, πλήττοντας άμεσα την παραγωγή λαδιού που διαχρονικά αποτελούσε τον πυρήνα της τοπικής οικονομίας. Εξίσου σημαντική ήταν και η ζημιά για τις ετήσιες καλλιέργειες.

Σημαντικά προβλήματα κατά πρώτα χρόνια της Κρητικής Πολιτείας, αποτέλεσαν οι άσχημες καιρικές συνθήκες αλλά και η μαζική αποχώρηση του μουσουλμανικού πληθυσμού, που συνεπαγόταν την απώλεια εργατικού δυναμικού και κεφαλαίων. Το παραπάνω πλαίσιο μεταβάλλεται σταδιακά από τα μέσα της δεκαετίας του 1910 και έπειτα, χάρη στον περιορισμό των εντάσεων, την προσπάθεια αποκατάστασης των παλαιότερων καταστροφών, τη δημιουργία ενός τραπεζικού συστήματος, την ύπαρξη άδηλων πόρων μέσω της μετανάστευσης, όπως και τη βελτίωση των κλιματικών συνθηκών.