Οι σημαντικότερες συγκρούσεις χριστιανών και μουσουλμάνων γύρω από τις Αρχάνες εντοπίζονται κατά την περίοδο από τον Φεβρουάριο μέχρι και τον Μάρτιο του 1897. Μια πρώτη πολύωρη μάχη καταγράφεται στις 3 Φεβρουαρίου 1897 με αρκετούς νεκρούς και τραυματίες και από τις δύο πλευρές. Ακολούθησε στις 14 Φεβρουαρίου η κατάληψη και καταστροφή από τους μουσουλμάνους των Κάτω Αρχανών, τους οποίους οι χριστιανοί απέκρουσαν μετά από σκληρό αγώνα και τη βοήθεια της ομάδας του Αριστοτέλη Κόρακα, Γενικού Αρχηγού Ανατολικής Κρήτης, ο οποίος είχε βρεθεί τυχαία στην περιοχή στην πορεία του προς την Ιεράπετρα. Παρά τη δεύτερη νίκη, οι σημαντικές ελλείψεις σε τρόφιμα και πυρομαχικά, σε συνδυασμό με την αποχώρηση αρκετών ενόπλων που ακολούθησαν τον Κόρακα, προκάλεσαν αναστάτωση στους αμάχους. Πολλοί κατέφυγαν στη Μεσαρά, ενώ όσοι έμειναν προχώρησαν σε διαμαρτυρίες που κατευνάστηκαν μόνο μετά την παρέμβαση του Πρόεδρου της Επιτροπής, Γ. Καπετανάκη.

Σε αντιστάθμισμα των ανδρών που είχαν φύγει, στις δυνάμεις των χριστιανών προστέθηκε τις επόμενες μέρες το Τάγμα Επιλέκτων Κρητών υπό τον Γιάννη Νταφώτη, στον οποίο η Επιτροπή έδωσε τον τίτλο του Φρουράρχου. Το επόμενο διάστημα οι διάφορες αμυντικές θέσεις οργανώθηκαν και ενισχύθηκαν υπό την προσωπική επίβλεψη του Νταφώτη. Μια ακόμα νικηφόρα σύγκρουση καταγράφεται στις 27 Φεβρουαρίου 1897. Ωστόσο, οι χριστιανοί εξακολουθούσαν να αντιμετωπίζουν σημαντικά προβλήματα τροφοδοσίας και εφοδιασμού, τα οποία αντιμετωπίστηκαν σε μεγάλο βαθμό μέσω της προσφυγής στην βοήθεια των επαναστατικών δυνάμεων που έδρευαν στις άλλες περιοχές. Το επόμενο διάστημα, οι Αρχάνες δέχθηκαν αξιόλογη υλική βοήθεια, όπως και ενισχύσεις υπό τον Αριστοτέλη Κόρακα, με αποτέλεσμα να βελτιωθεί σημαντικά η άμυνα της περιοχής.