Οι συγκρούσεις της δεκαετίας του 1890, το ξέσπασμα της μεταπολιτευτικής επανάστασης και η διαρκής αντιπαράθεση για το νέο διοικητικό πλαίσιο, είχαν ως αποτέλεσμα τη φυγή κατά την περίοδο αυτή από τη Κρήτη, ενός σημαντικού μέρους από τον πληθυσμό και των δύο κοινοτήτων. Ωστόσο, αρχικά, επρόκειτο κυρίως για μετακινήσεις που είχαν προσωρινό χαρακτήρα. Η συγκεκριμένη τάση μεταβάλλεται ριζικά μετά από την παραχώρηση αυτονομίας στην Κρήτη και ειδικά μετά από οριστική αποχώρηση του οθωμανικού στρατού. Χιλιάδες μουσουλμάνοι, είτε αρνούμενοι να αποδεχθούν το νέο καθεστώς είτε υπό το φόβο των αντεκδικήσεων, έσπευσαν να εγκαταλείψουν το νησί.

Προσπάθειες για τον μετριασμό της φυγής, έγιναν από μέρους των ευρωπαϊκών δυνάμεων, των πολιτικών, χριστιανικών και μουσουλμανικών θρησκευτικών αρχών και άλλων παραγόντων, κατανοώντας τις σημαντικές επιπτώσεις που θα είχε η αποχώρηση ενός σημαντικού μέρους του πληθυσμού για την οικονομία. Τα αποτελέσματα υπήρξαν ισχνά. Συνολικά υπολογίζεται ότι μέχρι και το 1900, ο μουσουλμανικός πληθυσμός της Κρήτης μειώθηκε κατά 40.000 έως 48.000 άτομα. Οι περισσότεροι κινήθηκαν προς τα Δωδεκάνησα, τη Σμύρνη και άλλες περιοχές της Μικράς Ασίας, όπως και την Θεσσαλονίκη, τη Συρία, την Αλεξάνδρεια και άλλες περιοχές της βόρειας Αφρικής.