Απορρίπτοντας το διαρκές αίτημα για την παραχώρηση της Κρήτης στην Ελλάδα, το Συνέδριο του Βερολίνου περιορίστηκε στην έκδοση το καλοκαίρι του 1878, ειδικού πρωτοκόλλου για την πλήρη εφαρμογή του Οργανικού Νόμου στη Κρήτη, μαζί με ορισμένες τροποποιήσεις υπέρ της χριστιανικής κοινότητας. Οι σχετικές διαπραγματεύσεις διήρκησαν μέχρι τον Οκτώβριο, οδηγώντας στη σύνταξη ενός κειμένου που ονομάστηκε Σύμβαση της Χαλέπας, λόγω της υπογραφής του στο ομώνυμο προάστιο των Χανίων.

Το νέο πλαίσιο, προέβλεπε την αναλογική αντί της ισόνομης αντιπροσώπευσης των δύο κοινοτήτων στη Συνέλευση, με 49 χριστιανούς έναντι 31 μουσουλμάνων, όπως και τη σημαντική διεύρυνση της δικαιοδοσίας της. Οι κάτοικοι του νησιού θα έπρεπε να προτιμώνται για τη στελέχωση των δημοσίων υπηρεσιών, ενώ επρόκειτο να σχηματιστεί χωροφυλακή με τη συμμετοχή και των δύο κοινοτήτων. Στο οικονομικό πεδίο, ζητούμενο ήταν η καθιέρωση ενός αποτελεσματικότερου συστήματος είσπραξης της δεκάτης και ο περιορισμός των διαφόρων φορολογικών επιβαρύνσεων. Τρία ακόμα άρθρα, αναγνώριζαν τον διαχωρισμό δικαστικής και εκτελεστική εξουσίας, τη χρήση της ελληνικής γλώσσας κατά τις εργασίες της Συνέλευσης, την έκδοση δημοσίων εγγράφων και στις δύο γλώσσες, το δικαίωμα σύστασης συλλόγων, όπως και της έκδοσης εφημερίδων.